به‌ منظور ارتقای ظرفیت‌های علمی و مسلکی محصلان این پوهنتون، تفاهم‌ نامه‌های همکاری دوجانبه میان پوهنتون سید جمال‌الدین افغانی و پنج ریاست مختلف ولایت کنر، با حضور داشت الحاج مولوی قدرت‌الله ابوحمزه، والی ولایت کنر، توسط الحاج مولوی عبدالواسع منصور رئیس این پوهنتون، به امضا رسید .
بر اساس مواد این تفاهم ‌نامه‌ها، طرفین فرصت خواهند یافت تا از امکانات و ظرفیت‌های یکدیگر استفاده نموده و زمینه را برای فراگیری آموزش‌های عملی و کسب تجربه‌های لازم برای محصلان پوهنتون فراهم گردد.
قابل ذکر است که این تفاهم ‌نامه‌ها میان پوهنتون سید جمال‌الدین افغانی، ریاست‌های شورای علمای ولایت کنر، مدرسه جهادی، ریاست ارشاد، حج و اوقاف، ریاست تعقیب و نظارت بر فرامین و احکام، و ریاست اطلاعات و فرهنگ این ولایت به امضا رسیده است.